1999年“三检合一”以来,莆田检验检疫局相继荣获全国质量监督检验检疫先进集体、全国质检系统五五普法先进单位、全国质检系统政务信息工作先进单位、福建检验检疫先进集体、福建检验检疫系统信息、宣传工作双先进单位、莆田市直机关第五届党建工作先进单位、莆田市委20 09-2010年度政务信息工作先进单位、莆田市政府2009-2010年度信息工作先进单位、莆田市平安工作一类单位等荣誉称号。2009年民评成绩位居莆田市第三、2010年名列第一、2011年免评;绩效考核连年获得福建局绩效优秀,2010年首次参加莆田市绩效考评,获得垂直类第二名的好成绩。检务窗口作为国家级青年文明号单位,连续多年获评福建省创文明行业示范点并保持福建省巾帼文明岗称号,2010年获评全国巾帼文明岗,2011年1月被国检质检总局授予全国检验检疫“文明服务窗口”荣誉称号。
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