一、贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验的法律、法规和政策规定及工作规程，负责莆田出入境检验检疫、鉴定和监管工作。
二、实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督。
三、实施出入境动植物检验检疫和监督管理。
四、实施进出口商品法定检验和监督管理，负责进出口商品鉴定管理工作，实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验。
五、实施对进出口食品及其生产单位的卫生注册登记和对外注册管理，实施进口安全质量许可和出口质量许可以及与进出口有关的质量认证认可工作。
六、实施国家实行进口许可制度的民用商品入境验证管理工作，按规定承担技术性贸易壁垒和检验协议的实施工作。
七、管理出入境检验检疫证单、标志及签证、标识、封识，负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。
八、负责所辖区域出入境检验检疫业务的统计工作。收集国外传染病疫情、动植物疫情，分析、整理、提供有关信息。
九、依法对所辖区域涉外检验检疫、鉴定机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生、除害处理机构实施监督管理。
十、负责管理局机关和下设机构、事业单位的人事、财务、基建、物资管理、纪检监察、精神文明建设和思想政治工作。
十一、承办上级出入境检验检疫局交办的其它工作。